Taksiyarhis Kilisesi, “Kubbeli Bazilikal Plan” tipine uygun olarak inşa edilmiştir. Bu plan tipi Bizans mimarisi’nde toplantı ve mahkeme salonlarında sıkça uygulanan bir mimari plan tarzıydı. Adanın metropol kilisesi 1873 yılına tarihlenmektedir.
     Kilise avlusuna iki sütunla taşınan üçgen alınlıklı anıtsal bir giriş kapısından girilmektedir.
     Bazilika şeklindeki kilise, dikdörtgen planlı uzun bir yapıdır. Doğu cephesinde yarım yuvarlak bir şekilde dışarı taşmış bir ana “apsis” bulunmaktadır.

     Kilisenin ana mekânı dörder taşıyıcı sütunla üç nefe ayrılmıştır. Sütunlar kemerlerle birbirine bağlıdır.
     Kilisenin üç nefli naos (ana mekân) planı batı yönündeki “narteks” ile sınırlandırılmıştır. Kilisenin giriş kapısı bu narteks üzerindedir
     Kilise duvarları, kaba yonu taştan yığma tekniği ile inşa edilmiştir. Merdivenler ve pencere kemerleri ve söveleri de geleneksel sarımsak taşıdır.

1927–28 yılları arasında minaresiz olarak camiye çevrilen kilise içerindeki ikonların büyük bir kısmı yerlerinden sökülmüştür. Bu tahribata rağmen kilise içerisinde hala çeşitli  ikonlar bulunmaktadır. En ilgi çeken ikonlardan biride Yunus peygamberin uzun süre denizde kalıp bir balığın içinde yaşadıktan sonra balığın ağzından çıkışını tasvir eden ikondur

    11.09.2003 tarihindeki fırtınadan sonra ziyaretçi girişine kapatılmış olan kilisenin kuzey duvarında tavandan zemine kadar olan çatlak, kilisenin bakım altına alınmadığı takdirde doğanın acımasızlığına karşı daha fazla direnemeyeceğinin en belirgin göstergesidir.

Bazı kaynaklarca kilise çanının Bergama Müzesinde sergilendiği belirtilmektedir. O büyüklükteki bir çanın Taksiyarhis Kilisesinin çan kulesine sığması mümkün değildir. Adı geçen çan Panayia kilisesine ait olup, Taksiyarhis Kilisesinin çanı 1920 yıllarında yerinden sökülerek Despot evinin önüne getirilmiş daha sonra ise Midilli’ye götürülmüştür.